В Хакасию первые организаторы профилактического здравоохранения прибыли только в начале 20-х годов ХХ века. Первым санитарным врачом в Хакасии стал Пономаренко Герман Алексеевич. В 1928 году в республике были созданы противоэпидемический отдел и Абаканская санитарно-эпидемиологическая лаборатория. С 1930 года после преобразования Хакасского округа в автономную область создаются противомалярийные, противобруцеллезные станции, противотрахоматозные пункты для борьбы с массовыми инфекционными заболеваниями, ведь на 112,2 тысяч населения в ту пору регистрировались 12,3 тысяч инфекционных больных. Активная деятельность медицинских работников области, особенно санитарных врачей, привела к созданию прочного иммунитета среди населения, в частности, последние 83 случая натуральной оспы были зарегистрированы в 1934 году. Основоположники санитарного дела своим самоотверженным трудом, чувством высокого долга заложили традиции профилактического здравоохранения. Среди них — К. Г. Абдина, А. В. Шовский, А. П. Шарыгин, А. Ф. Милошина, Е. П. Шихардина, Ю. Ф. Володин, Н. Н. Зайцева, Т. В. Батькова и другие.

В настоящее время в республике обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения, государственный надзора за соблюдением санитарного и потребительского законодательства осуществляется деятельностью Управления Роспотребнадзора по Республике Хакасия, ФГУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Хакасия» и ФГУП «Санита», в составе которых работают 283 специалиста. С 2013 года руководителем Управления Роспотребнадзора по Республике Хакасия является Т. Г. Романова. В учреждениях Роспотребнадзора в республике работают заслуженные врачи Республики Хакасия, отличники здравоохранения и санэпидслужбы, Почетные работники Роспотребнадзора.

В деятельность учреждений санитарно-эпидемиологической службы внедрены современные методы лабораторных исследований: фотометрический, ионометрический, полярографический, атомно-абсорционный, хроматографический, методы иммуноферментного анализа (ИФА), полимеразной цепной реакции (ПЦР), а также исследования на выявление генетически модифицированных источников в продуктах питания. Если в 50-е годы лаборатории могли выполнить только 360-400 анализов в год, то теперь объем ежегодных исследований составляет более полумиллиона.

Важнейшей задачей Госсанэпидслужбы Хакасии является также проведение социально-гигиенического мониторинга как основного механизма для выявления причинно-следственных связей между состоянием здоровья населения и воздействием на людей факторов среды обитания. Мониторинг помогает эффективно принимать решения, направленные на охрану здоровья населения.

Объективная и достоверная информация о состоянии окружающей природной и производственной среды, работа по профилактике пищевых отравлений, химического и микробиологического загрязнения пищевых продуктов, улучшение качества водоснабжения населённых пунктов являются главными направлениями в деятельности Управления Роспотребнадзора по Республике Хакасия.

Кроме того, реализация приоритетного национального проекта «Здоровье» по дополнительной иммунизации населения остается для всех представителей профилактического здравоохранения Хакасии главным направлением в выполнении государственной доктрины здоровья.